Pada awal tahun 2012, di sebuah rumah milik Bapak H. R.Wiratmoko, SH,MKN dan Ibu Eva Junaida, SH yang beralamat di Jalan Raya Condet No. 27 Kav. 27, RT 003 / RW 001, Kelurahan Batu Ampar, Kecamatan Kramatjati, Jakarta Timur. Telah dimulai sebuah Komunitas Pengajian yang menginginkan anak – anaknya mendapatkan pendidikan yang berkualitas dengan metode yang berbeda dengan memiliki semangat yang sama untuk anak – anak tercinta.

Di mulai dari Home Schooling berkumpulah belasan anak dan berkembang puluhan anak hingga 43 siswa – siswi di rumah tersebut.

Dengan konsep pendidikan yang terpadu dan modern maka di tahun ajaran 2012 – 2013 secara resmi dinamakan sebuah Sekolah Formal EMIISc Jakarta di bawah naungan Yayasan Sekolah Islam Terpadu Unggulan Metropolitan. Bermula dari seorang kepala sekolah yang mengelola semua level dengan metode kursus dan mulok (Muatan Lokal) dengan mata pelajaran Agama dan Umum.

Berjalan 1 tahun ajaran, siswa bertambah banyak karena muatan lokal yang menjadi keunggulah adalah belajar membaca Al-Quran dan menghapalkan nya setiap hari.

Ternyata setelah banyak yang berminat. Namun Sarana dan Prasarana (Sarpras) yang terbatas, dan SDM yang belum memahami manajemen pengelolaan sebuah sekolah formal, kendala demi kendala terjadi, Hingga masuk tahun ajaran 2013 – 2014 permasalahan komunikasi dan koordinasi menjadi masalah utama yang melanda sekolah EMIISc Jakarta. Bahkan izin prinsip selama dua tahun ajaran tidak pernah diurus oleh manajemen yang ada pada saat itu.

Sampailah pada suatu waktu menjelang masuknya tahun ajaran baru 2013 – 2014 diadakan Raker Yayasan dan Pimpinan Sekolah, di Sari Ater, Jawa Barat. Acara di awali dengan Training Outbound dan Materi Raker dengan SDM ± 20 orang mengikuti Raker tersebut dan di canangkan semangat baru dengan digantinya Kepala Bidang Pendidikan Yayasa EMIISc .

Pada tahun 2014 – 2015, sejarah baru dengan dimulainya manajemen baru dan tahun tersebut dianggap sebagai masa transisi dari menajemen lama dengan yang baru dimulai dari perubahan akte notaris.

Dengan disahkannya akte notaris nomor 2 tanggal 16 Juni 2014 oleh Kementrian Hukum dan HAM, maka dimulai dilengkapi semua berkas – berkas legal formal sehingga di mulai pengajuan izin sekolah formal.

Alhamdulillah tahun 2016 telah mendapatkan izin prinsip tahun 2017 keluar izin prinsip dan tahun 2018 telah diajukan akreditas dengan pemimpin kepala sekolah sebagai berikut :

1. Kepala Sekolah TK EMIISc yaitu Ustdzah Siti Tedja
2. Kepala Sekolah SD EMIISc yaitu Ust. Muhsin, Lc
3. Kepala Sekolah SMP EMIISc yaitu Ust. Ramli, Lc
4. Kepala Sekolah SMA EMIISc yaitu Ust. Lalu Julkarnain

Di tahun 2019 ada pergantian Kepala Sekolah SD dari Ust. Muhsin, Lc ke Ust. Marta Seno, Lc. Perkembangan demi perkembangan terjadi dengan mengacu kepada 8 Standar Pendidikan Nasional. Saat ini Yayasan EMIISc sudah memiliki 6 Gedung sekolah dengan jumlah siswa dan siswi sebanya 666 peserta didik.